Обновление сервера 1C:Предприятие

Обновлять проще некуда. Скачиваем дистрибутив севера, распаковываем в одну папку, удаляем старую версию и следом ставим новую.
У меня в примере обновляю с версии 8.3.18.1363 на версию 8.3.19.1467.

sudo dpkg -r 1c-enterprise-8.3.18.1363-crs && \
sudo dpkg -r 1c-enterprise-8.3.18.1363-ws && \
sudo dpkg -r 1c-enterprise-8.3.18.1363-server && \
sudo dpkg -r 1c-enterprise-8.3.18.1363-common

И устанавливаем

sudo dpkg -i 1c-enterprise-8.3.19.1467-common_8.3.19-1467_amd64.deb && \
sudo dpkg -i 1c-enterprise-8.3.19.1467-server_8.3.19-1467_amd64.deb && \
sudo dpkg -i 1c-enterprise-8.3.19.1467-ws_8.3.19-1467_amd64.deb && \
sudo dpkg -i 1c-enterprise-8.3.19.1467-crs_8.3.19-1467_amd64.deb

mkdir -p /home/usr1cv8/.1cv83/1C/1Cv83 && chown -R usr1cv8:grp1cv8 /home/usr1cv8 && \
ln -s /opt/1cv8/x86_64/8.3.19.1467/srv1cv83 /etc/init.d/srv1cv83 && \
ln -s /opt/1cv8/x86_64/8.3.19.1467/srv1cv83.conf /etc/default/srv1cv83 && \
sudo chown -R usr1cv8:grp1cv8 /opt/1cv8

После переустановки не забываем обновить публикацию БД, если таковая имеется, а инструкция выше